Per la sua posizione astronomica, tra 11º e 15º lat. N, il Nicaragua ha un clima tropicale, ampiamente influenzato però dall'aliseo di NE sul fronte caribico e, nell'interno, mitigato dall'altitudine.

Lungo la fascia costiera caribica la temperatura media si aggira sui 26 ºC con lievissime escursioni diurne e stagionali; l'aliseo investe costantemente il versante caribico apportando piogge abbondanti che, più copiose a S (4500 mm annui nella zona tra i fiumi San Juan ed Escondido), vanno gradatamente scemando verso N e verso l'interno (2600-2200 mm annui tra Escondido e Río Coco, 2000-1500 mm annui sulle zone più interne dell'altopiano).
Alcune aree alle spalle della Costa dei Mosquitos, riparate da basse colline che bloccano gli alisei, ricevono precipitazioni relativamente scarse e presentano temperature di oltre 30 ºC, con punte anche superiori ai 40 ºC. Al di sopra dei 600-800 m le temperature oscillano tra i 14 ºC delle zone più elevate e i 22 ºC delle valli. Sul versante pacifico il clima è sempre di tipo subtropicale, ma con precipitazioni più ridotte (in media 1500 mm annui); inoltre si individua una netta stagione secca da dicembre a maggio.

Poco meno della metà del territorio nicaraguegno è coperto da foreste, soprattutto nella regione orient.; la foresta pluviale, ricca di essenze pregiate e dal fittissimo sottobosco, domina nelle aree più umide, mentre i contrafforti orient. degli altopiani sono coperti da una densa foresta tropicale che passa oltre i 600 m al bosco misto con querce e conifere; sul versante pacifico prevale la savana, spesso a carattere arbustivo (matorral), mentre lungo le rive dei laghi notevole diffusione hanno le mangrovie.

Nel paese crescono inoltre cedri, mogani e caucciù, oltre a una cinquantina di specie di alberi da frutto. La fauna, ricca ed eterogenea, comprende puma, cervi, numerose specie di scimmie, alligatori e altri rettili. Sono altresì presenti in grande numero pappagalli, colibrì e tacchini selvatici.