L'elemento più caratteristico dell'idrografia del Nicaragua è dato dalla presenza di due grandi laghi, il Managua e il Nicaragua (questo è anzi, con i suoi 8430 km2, il più esteso dell'America Centrale) che occupano il fondo della depressione; essi comunicano tramite il fiume Tipitapa.
Un tempo i due laghi erano un'insenatura della costa pacifica: l'accumulo di materiale dovuto all'intensa attività vulcanica progressivamente li separò dall'oceano, di cui rimasero tributari finché lo spostamento dello spartiacque dovuto all'abbassamento nel Neozoico della costa caribica non provocò il deflusso delle acque verso il Mar delle Antille.

A testimonianza di queste vicissitudini l'ittiofauna del lago di Nicaragua ospita specie di origine marina adattatesi all'habitat di acque dolci, come il tiburón (Carcharhinus nigaraguensis), uno squalo lungo sino a 3 m.

Dato che il bacino del lago di Nicaragua è separato dal Pacifico nel punto più stretto solo da una soglia larga una ventina di chilometri e alta non più di una quarantina di metri, da tempo si ventila la possibilità di aprire un canale navigabile tra i due oceani, progetto vincolato essenzialmente a fattori economici e politici.

Nel Pacifico si gettano solo brevi corsi d'acqua a regime torrentizio, di cui i principali sono l'Estero Real e il Río Grande del Sur, antico emissario del lago di Nicaragua; sviluppo assai maggiore hanno i fiumi del versante caribico, particolarmente il Río Coco o Segovia, di 750 km, che per lungo tratto segna il confine con l'Honduras e termina con un ampio delta presso Cabo Gracias a Dios, il Río Grande de Matagalpa, l'Escondido e il Río San Juan, emissario del lago di Nicaragua, interamente navigabile, e che in parte forma il confine con la Costa Rica. Nel complesso però la loro importanza è relativa perché attraversano regioni scarsamente abitate e di modesto sviluppo economico.