Prima dell'indipendenza l'organizzazione scolastica nel Paese era carente (anche se dal 1812 già esisteva l'Università di León). Nel 1868 fu attuato un piano di riorganizzazione dell'istruzione pubblica. A partire dal 1912 gli ordini religiosi diedero nuovo impulso alla scuola. L'istruzione primaria e secondaria è gratuita dal 1979. L'educazione primaria, ufficialmente obbligatoria, interessa i bambini dai 7 ai 13 anni. L'istruzione secondaria è impartita in scuole pubbliche e private che in cinque anni preparano al baccellierato. Vi sono, inoltre, diversi istituti di istruzione tecnica, la cui durata varia dai due ai quattro anni, e la Scuola Nazionale dell'Agricoltura che prepara in tre anni tecnici agrari e veterinari. Notevole impulso è stato dato recentemente alla formazione degli insegnanti, che ha la durata di 5 anni, in quanto questo settore presentava notevoli lacune.

L'istruzione superiore è impartita nell'Università autonoma di Nicaragua (León, 1812), nell'Università Centro-Americana (Managua, 1961) e al Politecnico (Managua, 1976).