Por su posición astronómica, entre el 11° y el 15° grado de latitud norte, Nicaragua tiene un clima tropical, pero muy influenciado por el alisio de Noreste en la parte caribal y, en el interior, templado por el altitud.

A lo largo de la franja costiera caribal la temperatura media está cerca de 26 °C con ligeras excursiones térmicas diurnas y estacionales; el alisio sopla de manera constante en el vertiente caribal, llevando consigo lluvias abundantes que, más copiosas en el Sur, (4500 mm al año en la zona entre los ríos San Juan y Escondido) disminuyen de forma gradual hacia el Norte y hacia el interior (2600 – 2200 mm entre el Escondido y Río Coco, 2000 – 1500 mm en las zonas más internas de la meseta).

Algunas entre las areas detrás de la Costa de los Mosquitos, resguardadas por colinas bajas que bloquean los alisios, reciben precipitaciones relativamente escasas y tienen temperaturas por encima de los 30 °C, que pueden llegar también a más de los 40 °C.

En el País hay cidros, caobas y cauchos, además de unos cincuenta tipos de árboles de fruta. La fauna, rica y heterogénea, incluye pumas, ciervos, numerosas especies de monos, caimanes y otros reptiles. También hay muchos loros, pajaros y pavos salvajes.