El territorio de Nicaragua forma parte  de una de las zonas geologicamente mas instables y mas “jóvenes” de la Tierra, el istmo centro-americano, cuya estructura empezó a delinearse durante el mioceno y permitió la unión de los dos subcontinentes americanos, sobre todo gracias a la intensa actividad volcánica debida a la gran orogénesis que llevó a la formación de las poderosas cordilleras a lo largo de todo el litoral del Pacífico. Nicaragua acoge el elemento estructural más característico del istmo, la “gran depresión”, ancho surco tectónico que se puede considerar el auténtico confín físico entre el mundo norteamericano y él suramericano; éste representa un elemento divisorio fundamental también en Nicaragua, repartiéndolo en dos áreas muy diferentes por extensión, geomorfología y población. Ocupando los 2/3 del territorio nicaragüense, la región que se encuentra entre la fosa tectónica y la costa caribal forma parte de la dicha zona antillana, que del zócalo mexicano – guatemalteco de Chiapas se extiende, a través de una gran cordillera debajo del mar del Caribe, hasta constituir el armazón de los relieves de Jamaica, Haiti y Puerto Rico; está formada especialmente por formaciones precámbricas graníticas y metamórficas, en parte recubiertas por sedimentos mesozoicos,  y por rocas efusivas cenozoicas, sobre todo basaltos y andesitas.

Los posos de aluvión neozoicos, en cambio, consituyen la ancha llanura litoral, conocida como Costa de los Mosquitos, que se asoma al Mar del Caribe y se desarrolla de forma monótona, con costas bajas, recortadas y orladas de albuferas.

En el interior, más allá de una franja de colinas bajas, el territorio presenta una serie de mesetas entalladas de manera profunda por la erosión y dominadas por unas cordilleras (Cordillera Isabelia, Serranías Huapí, Cordillera Chontalena ecc.), colocadas en abanico de Oeste hacia Este, según el desarrollo típico de la región antillana; unas cumbres, (Kilambé, Penas, Blancas) superan los 1700 metros y el Cerro Mogotsuperan los 1700 metros y el Cerro Mogotón llega a los 2107.

Muy diferente es el territorio de Nicaragua occidental, entre la gran depresión y las costas del pacífico, evidente testimonio de la duradera y violenta actividad volcánica que ha acompañado la origen de las cordilleras americanas y que sigue existiendo, aunque de forma minor: la soldadura entre los dos bloques continentales (hasta el comienzo de la era neozoica la América del Norte y la del Sur estaban divididas por el mar, ya que toda la depresión nicaragüeña estaba sumergida) fue causada por la inmensa masa de lava arrojada sobre todo a lo largo del Mioceno y a las grandes capas de detritos alimentadas por la degradación meteórica de los releves apenas emergidos. La gran depresión nicaragüeña, larga cerca de 600 Km y en parte ocupada por las cuencas de los lagos Managua y Nicaragua, se formó a través del conjunto de fenómenos distintos y contrastantes, tectónicos, volcánicos, sísmicos, erosivos y constructivos; se formó durante el Pleistoceno con la formación de sistemas de fallas sub-paralelas y el cosiguiente hundimiento de los terrones interpuestos, reparte en diagonal el istmo desde Noroeste hasta Sureste, desde el gulfo de Fonseca en en Pacífico (parte sumergida de la misma depresión, que una vez se unía de manera directa al lago Managua) hasta el surco del río San Juan en el mar del Caribe. Entre la muy estrecha orilla del pacífico y la fosa tectónica se alinean los dichos Marrabios, unos veinte volcanos surgidos a lo largo de la era neozoica en relación con la formación de la gran depresión; el más joven, el Cerro Negro (350 m), se remonta apenas al año 1850.

Del lago Nicaragua (Cocibolca para los indigenos) se elevan los conos gemelos de los volcanos Concepción y Maderas que, unidos por un istmo, forman la isla Ometepe, la más grande de Nicaragua, y la isla Zapatera; en el lado norte y occidental del lago, se eleva, cerca de Granada, el volcan Mombacho.

El mas conocido volcan de Nicaragua ed el Momotombo, responsble de violentas erupciones como las de 1870 y de 1886 que lo reducieron de los anteriores 1600 m a los actuales 1280 m, se levanta al Norte del lago Managua, y se encuentra flanqueado por el más pequeño Momotombito, que emerge de las aguas del lago.

Otros volcanos considerables son el Chonco, San Cristobal ( o el Viejo o Chinandega;  1745 m, el más alto de Nicaragua), Rota, Hoyo ecc. En el promontorio de Cosigüina, que se alarga a cerrar el gulfo de Fonseca, se abre la vasta caldera, con un diámetro de cerca de 1 Km, elocuente testimonio de la espantosa explosión que en 1835 detrozó el edificio del volcano Cosigüina: la sacudida se advirtió a miles de kilómetros, y una lluvia de ceniza cayeron en un radio de 1200 Km. En Nicaragua los terremotos son frecuentes y a menudo desastrosos, como los que en 1931 y 1972 destrozaron la capital, reduciéndola en la práctica a un cúmulo de escombros.